Varude haldamiskulud on:
- varu hoidmisega seotud kulu
- varu kindlustamise kulu
- varu koguse ja varu nõuetele vastavuse kontrollimise kulu
- varu haldaja tegevuskulu
- varu haldaja finantskulu
- muud VKVS-ist tulenevad varu hoidmise kohustuse täitmisega seotud kulud, välja arvatud varu soetamine.
Kuna EVK ei oma mahuteid vaid rendib neid, moodustavad valdava osa vedelkütusevarude haldamiskuludest (aastas kokku ca 4,5 miljonit eurot) varude hoiustamisega seotud kulud.
Vedelkütusevarude haldamiskulude katmiseks kogub EVK alkoholi-, tubaka-, kütuse- ja elektriaktsiisi seaduse § 22 lõikes 1 sätestatud aktsiisimaksjate käest varumakset. Aktsiisimaksja puudumise korral on varumakse maksjaks isik, kes kütuse tarbimisse lubab (nt. aktsiisilao korral aktsiisilaopidaja). See tähendab, et varumakse tasumise kohustus tekib ka nende tarbimisse lubatud kütuse koguste pealt, millele vastavalt alkoholi-, tubaka-, kütuse- ja elektriaktsiisi seadusele rakendatakse aktsiisivabastust.